Cơ cấu tổ chức

Trường được tổ chức với mô hình ban giám hiệu điều hành và quản lý chung với nhóm trưởng là ông Phùng Hoàng Hải, các hiệu phó là ông Hoàng Văn Cường, ông Trần Đình Hồng và bà Bùi Tuyết Hồng. Công tác giáo dục được chia thành 6 tổ riêng biệt. Đó là các tổ: Toán (toán, tin học); Vật lý kĩ thuật (vật lý, kĩ thuật công nghiệp); Tự nhiên (Hóa, sinh, thể dục); Văn; Xã hội (Lịch sử, địa lý, GDCD); và tổ ngoại ngữ (tiếng Anh, tiếng Pháp). Ngoài ra còn có các phòng ban thực hiện công tác phục vụ, vận hành trường như: phòng bảo vệ, phòng hành chính, phòng giáo vụ, Tổ nội trú, thư viện...

Thi tuyển

Trường THPT chuyên Hùng Vương là trường THPT chuyên duy nhất của tỉnh Phú Thọ. Các môn thi bắt buộc bao gồm Toán, Ngữ văn, Tiếng Anh. Thí sinh đăng ký vào lớp chuyên thi thêm môn chuyên tương ứng: chuyên toán, tin thi toán; chuyên vật lý thi vật lý; chuyên hóa thi hóa học; Chuyên sinh thi sinh học; chuyên sử thi lịch sử; chuyên văn thi ngữ văn; chuyên địa thi địa lý; chuyên anh và chuyên pháp thi tiếng Anh. Điểm trúng tuyển là tổng điểm của hai môn văn, toán, tiếng Anh (vòng 1) và môn chuyên nhân hệ số 2 (vòng hai) cộng với điểm ưu tiên (nếu có). Số học sinh trúng tuyển sẽ được lấy từ cao xuống thấp sao cho mỗi lớp chuyên không quá 35 học sinh. Các học sinh thuộc các lớp không chuyên (hàng năm có từ 3-4 lớp không chuyên) điểm trúng tuyển là tổng điểm của hai môn văn toán vòng 1. Lớp không chuyên dành cho những thí sinh không trúng tuyển vào lớp chuyên. Phạm vi tuyển sinh của trường chủ yếu là học sinh của tỉnh Phú Thọ.

Trước đây thời gian thi tuyển vào trường thường vào đầu tháng 7 và công bố kết quả thi trước khi học sinh thi vào các trường trung học phổ thông khác trong toàn tỉnh. Thời gian nhập học thường sớm hơn khoảng nửa tháng so với các trường trung học phổ thông khác (khoảng giữa tháng 8). Kể từ năm học 2008-2009 thời gian thi tuyển của trường trùng với thời gian thi của các trường khác trong toàn tỉnh đối với hai môn thi bắt buộc là toán, ngữ văn và tiếng Anh sau đó thí sinh thi môn chuyên theo lớp chuyên mình đăng ký.

Hệ thống lớp học

Hiện nay ở mỗi khối 10,11,12 nhà trường đều có mười một lớp chuyên (Toán, toán-tin, tin, vật lý, hóa học, sinh hoc, văn, lịch sử, địa lý, tiếng Anh và tiếng pháp) và mỗi khối có từ 1-2 lớp không chuyên. Năm học 2015-2016 nhà trường có 30 lớp chuyên và 6 lớp không chuyên.